Samurai opowiada historię Takeo, mężczyzny żyjącego w feudalnej Japonii, który osiągnął status samuraja. Jest to jednak człowiek o skomplikowanej historii, pozornie porzucony przez rodzinę i wychowany w klasztorze, zdesperowany, by odnaleźć zaginionego brata, który go opuścił. Ujawnienie historii Takeo jest ważne, ponieważ napędza obecną historię. Osobiste poszukiwania Takeo wpisują się w szerszą narrację z udziałem generała Akumy, być może najpotężniejszego człowieka w Japonii po cesarzu, którego planuje zdradzić. Tajemnica Trzynastego Proroka jest również czymś, w co Takeo zostaje wciągnięty, prowadząc go do Akumy.