Submerged: Hidden Depths jest wolną od walki przygodą "relaksploracyjną" z perspektywy trzeciej osoby. Akcja osadzona jest w w zatopionych ruinach pięknego świata. Wciel się w Miku – noszącą przeklętą moc, którą próbuje użyć w dobrym celu, i Taku – zdeterminowanego, aby moc ta ich nie rozdzieliła.