Stardew Valley opowiada historię młodego mężczyzny, wiodącego sztampowe życie pracownika dużej korporacji. W przeszłości otrzymał on od swojego dziadka tajemniczą kopertę, z zaleceniem, aby otworzyć ją dopiero wtedy, kiedy uzna, że jego życie stało się monotonne i przestało dawać mu szczęście. Uznawszy, że ta chwila właśnie nadeszła, nasz bohater otwiera ją i dowiaduje się, że otrzymał od dziadka spadek w postaci niewielkiej farmy, położonej gdzieś za miastem. Nie zastanawiając się długo, mężczyzna porzuca swe dotychczasowe życie i nudną pracę, aby stawić czoła zupełnie nowym wyzwaniom. Po przybyciu na miejsce okazuje się jednak, że nie czeka go tutaj żadna sielanka, a mocno podupadła farma to w istocie niewielki domek otoczony skrawkiem ziemi, porosłym gęstymi krzakami i chwastami. Zadaniem bohatera jest zaś przywrócenie gospodarstwa do dawnej świetności.