Akcja gry dzieje się w Mato, czyli fikcyjnym mieście będącym neo-futurystyczną wersją starej części Szanghaju. W miejscu tym od pewnego czasu mają miejsce dziwne zdarzenia, których nie da się racjonalnie wytłumaczyć. Mają one związek z demonicznymi siłami, które do świata śmiertelników przedostają się przez tzw. Rozpadliny.

Gra opowiada historię dwóch bohaterów próbujących ocalić Mato przed inwazją sił zła. Jednym z nich jest prywatny detektyw imieniem Doe, a drugim specjalizujący się w walce z demonami egzorcysta Gram.

Mato Anomalies to gra RPG, w której mechanizmy typowe dla tego gatunku wzbogacono elementami detektywistycznymi. Podczas zabawy eksplorujemy miasto, wypełniamy zadania, rozwijamy bohaterów oraz toczymy bitwy za pomocą turowego systemu walki. W potyczkach dowodzimy drużyną, na którą składa się nie tylko para głównych bohaterów, ale również towarzysze zwerbowani podczas przygód.

Równocześnie musimy prowadzić śledztwo, które pozwoli nam odkryć, co dokładnie dzieje się w Mato. W tym celu przesłuchujemy świadków, gromadzimy dowody i rozwiązujemy okazjonalne zagadki logiczne.

Kluczowym elementem rozgrywki jest również odkrywanie Rozpadlin. Za ich pomocą możemy przedostać się do świata demonów. Kryją się w niej najpotężniejsze przedmioty i najcenniejsze nagrody, ale przeżycie tych wypraw jest prawdziwym wyzwaniem.